| 序号 | 名称 | 依托单位 | 负责人 | 始建时间 |
| 1 | 疑难重症及罕见病国家重点实验室 | 中国医学科学院北京协和医院 | 赵玉沛 | 2020年 |
| 2 | 心血管疾病国家重点实验室 | 中国医学科学院阜外医院 | 胡盛寿 | 2011年 |
| 3 | 分子肿瘤学国家重点实验室 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 刘芝华 | 1986年 |
| 4 | 医学分子生物学国家重点实验室 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 刘德培 | 1992年 |
| 5 | 天然药物活性物质与功能国家重点实验室 | 中国医学科学院药物研究所 | 庾石山 | 2011年 |
| 6 | 实验血液学国家重点实验室 | 中国医学科学院血液病医院（血液学研究所） | 程 涛 | 1991年 |
| 7 | 国家妇产科疾病临床医学研究中心 | 中国医学科学院北京协和医院 | 郎景和 | 2014年 |
| 8 | 国家皮肤与免疫疾病临床医学研究中心 | 中国医学科学院北京协和医院 | 曾小峰 | 2019年 |
| 9 | 国家心血管病临床医学研究中心 | 中国医学科学院阜外医院 | 胡盛寿 | 2013年 |
| 10 | 国家恶性肿瘤临床医学研究中心 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 赫 捷 | 2013年 |
| 11 | 国家血液系统疾病临床医学研究中心 | 中国医学科学院血液病医院（血液学研究所） | 王建祥 | 2019年 |
| 12 | 国家人口健康科学数据中心 | 中国医学科学院 | 刘德培 | 2003年 |
| 13 | 国家发育和功能人脑组织资源库 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 马 超 | 2019年 |
| 14 | 国家生物医学实验细胞资源库 | 中国医学科学院基础医学研究所 | 刘玉琴 | 2003年 |
| 15 | 国家人类疾病动物模型资源库 | 中国医学科学院医学实验动物研究所 | 秦 川 | 2020年 |
| 16 | 转化医学国家重大科技基础设施（北京协和） | 中国医学科学院北京协和医院 | 赵玉沛 | 2013年 |
| 17 | 国家新药开发工程技术研究中心 | 中国医学科学院药物研究所 | 蒋建东 | 1996年 |
| 18 | 濒危药材繁育国家工程实验室 | 中国医学科学院药用植物研究所 | 魏建和 | 2009年 |
| 19 | 国家干细胞工程技术研究中心 | 中国医学科学院血液病医院（血液学研究所） | 韩忠朝 | 2002年 |
| 20 | 细胞产品国家工程研究中心 | 中国医学科学院血液病医院（血液学研究所） | 韩忠朝 | 2006年 |
| 21 | 病毒性传染病生物制品国家地方联合工程研究中心 | 中国医学科学院医学生物学研究所 | 李琦涵 | 2009年 |
| 22 | 国家药物及代谢产物分析研究中心 | 中国医学科学院药物研究所 | 吕 扬 | 1994年 |
| 23 | 国家病原微生物菌（毒）种保藏中心 | 中国医学科学院 | 王健伟 | 2018年 |
| 24 | 中国以色列人群医学一带一路联合实验室 | 中国医学科学院血液病医院（血液学研究所） | 程涛 | 2019年 |
